Năm 1978, một khu bảo tồn thiên nhiên rộng 500 km2 xung quanh Bukit Raya được thành lập và chỉ một năm sau đó, diện tích của nó được mở rộng lên 1.100 km2. Năm 1982, khu bảo tồn thiên nhiên Bukit Baka được thành lập có diện tích 1.000 km2. Sau một số thay đổi nhỏ về ranh giới của cả hai khu bảo tồn thì vào năm 1992, hai khu bảo tồn được hợp nhất thành vườn quốc gia Bukit Baka Bukit Raya có diện tích 1.810 km2.[3]

Vườn quốc gia đã và đang là nơi ở truyền thống của những nhóm dân tộc bản địa như Dayak Limbai, Ransa, Kenyilu, Ot Danum, Malahui, Kahoi và Kahayan.[1]